Wirtualny zielnik - Zielnik Uniwersytetu Gdańskiego

Czym jest

Digitalizacja

Digitalizacja czyli wykonanie cyfrowych kopii zbiorów przyrodniczych ułatwia zarządzanie, inwentaryzowanie i wykorzystanie zasobów naukowych zgromadzonych w Kolekcjach. Stwarza możliwość wyszukania i weryfikacji udostępnianych danych badaczom instytucji naukowych w kraju i na świecie. Powszechny dostęp do zasobów on-line stanowi ważny element współpracy międzynarodowej w zakresie zagadnień dotyczących bioróżnorodności przyrodniczej, wymierania gatunków, inwazyjności taksonów obcych geograficznie oraz zmian klimatu i ich wpływu na rozmieszczenie organizmów. Udostępnione materiały mogą również stanowić pomoc dydaktyczną w procesie kształcenia na różnych jego etapach, zarówno w szkołach, jak i na uczelniach wyższych – materiały zielnikowe stanowią nieocenioną pomoc w procesie identyfikacji gatunków.
Praktycznym aspektem udostępnienia zielników jest również ułatwienie korzystania z ww. zasobów instytucjom i funkcjonariuszom administracji państwowej. Zgromadzone dane mogą być również wykorzystane przez instytucje i firmy sektora publicznego, stanowiąc element współpracy z pomorskimi zielnikami oraz wymiany wiedzy i doświadczeń naukowych.

Digitalizacja to sekwencja zadań, które mają na celu przetworzenie informacji analogowej w cyfrową, która jak najdokładniej odwzorowuje posiadane w zasobach materiały.

Proces digitalizacji obejmuje szereg etapów:

czynności przeddigitalizacyjne

przygotowanie alegatu, prace naprawcze i konserwacja okazu, przygotowanie etykiety, oznakowanie alegatu unikatowym kodem kolekcji, spisanie danych i uzupełnienie bazy danych, aktualizacja nomenklatury

procesu skanowania okazów

w naszym Zielniku do wykonania cyfrowego obrazu alegatu wykorzystujemy planetarne skanery dziełowe A1 “SupraScan Quartz A1 HD” z wykorzystaniem wzornika kolorów, który umożliwia standaryzację procesu dla każdego skanu

gromadzenie danych na serwerach

z zastosowaniem rozproszonej infrastruktury i wersjonowania w określonym zakresie czasowym kopii bezpieczeństwa

czynności podigitalizacyjne

weryfikacja plików cyfrowych i związanych z nimi metadanych, weryfikacja baz danych, formatowanie danych, geolokalizacja, standaryzacja danych do wymaganych formatów

udostępnienie danych

na dedykowanej platformie w formie cyfrowej, w zewnętrznych repozytoriach danych

Wirtualny zielnik

Herbarium Pomeranicum

Zielnik Uniwersytetu Gdańskiego zapewnia publiczny dostęp do szerokiego zakresu informacji w tym do zbiorów udostępniając je on-line na platformie Herbarium Pomeranicum stworzonej w ramach projektu Zintegrowane wirtualne Herbarium Pomorza Herbarium Pomeranicum – Digitalizacja i udostępnienie zbiorów herbariów jednostek akademickich Pomorza poprzez ich połączenie i udostępnienie cyfrowe.

Projekt był realizowany przy udziale Konsorcjum trzech Pomorskich uczelni: Uniwersytetu Gdańskiego, Szczecińskiego i Pomorskiego w Słupsku (Lider Projektu).
W wyniku realizacji projektu 468 000 alegatów zostało zdigitalizowanych i udostępnionych on-line. W tym:

288 000 alegatów Herbarium Universitatis Gedanensis (UGDA) Uniwersytetu Gdańskiego,
110 000 alegatów dwóch zielników Uniwersytetu Szczecińskiego: 48 000 preparatów okrzemek z Kolekcji Diatomologicznej (SZCZ) i 62 000 alegatów Herbarium Stetinense (SZUB);
70 000 alegatów Herbarium Slupiensis (SLTC) Akademii Pomorskiej w Słupsku.

Przedsięwzięcie stworzenia wirtualnego zielnika pomorskich uczelni w projekcie “Zintegrowane wirtualne Herbarium Pomorza Herbarium Pomeranicum – Digitalizacja i udostępnienie zbiorów herbariów jednostek akademickich Pomorza poprzez ich połączenie i udostępnienie cyfrowe.”, zrealizowano w ramach Programu Operacyjnego Polska Cyfrowa 2014-2020, poddziałanie: 2.3.1 Cyfrowe udostępnienie informacji sektora publicznego ze źródeł administracyjnych i zasobów nauki (typ II projektu: Cyfrowe udostępnienie zasobów nauki) współfinansowanego przez Europejski Fundusz Rozwoju Regionalnego i budżet państwa.
Łączna wartość projektu: 25 065 886,20 zł; w tym dofinansowanie ze środków EFRR w ramach Programu Operacyjnego Polska Cyfrowa: 21 213 259,49 zł.

Pomysłodawcą stworzenia wirtualnego zielnika Pomorza była prof. dr hab. Agnieszka Popiela (Uniwersytet Szczeciński). Wraz z prof. dr hab. Dariuszem L. Szlachetko (Uniwersytet Gdański) i prof. dr hab. Piotrem Niedzielskim (Uniwersytet Szczeciński, Akademia Pomorska w Słupsku) rozpoczęli pracę nad koncepcją projektu digitalizacji zbiorów pomorskich uczelni. Zapraszając do współpracy Zielnik Uniwersytetu Gdańskiego, z doświadczeniem jakie posiadał z wcześniejszej digitalizacji oraz tworzenia i obsługi baz danych opracowano wspólnie standardy procesu digitalizacji i gromadzenia i udostępniania danych. Duży wkład pracy w zakresie informatycznym, głównie programistycznym miał dr Andrzej Łysko (Zachodniopomorski Uniwersytet Techniczny). W styczniu 2020 roku rozpoczęto w Zielniku UGDA proces masowej digitalizacji zbiorów przyrodniczych. Proces ten trwał nieprzerwanie do czerwca 2023 roku. Był to czas intensywnej pracy nad zbiorami przyrodniczymi, który był możliwy dzięki zaangażowaniu zespołu projektowego Zielnika Uniwersytetu Gdańskiego. Realizacja tak złożonego i wieloetapowego przedsięwzięcia była możliwa dzięki zespołowi specjalistów i pracowników technicznych Wydziału Biologii oraz wielu zatrudnionych w projekcie osób.

Zespół

Koordynujący Projektu

prof. dr hab. Dariusz L. Szlachetko – Kierownik Projektu / Koordynator Projektu UG;
mgr Katarzyna Wszałek-Rożek – Asystent Koordynatora Projektu
przewodnicząca zespołu ds. wdrożenia Platformy Herbarium Pomeranicum, obsługa merytoryczna projektu, sprawozdawczość i monitoring projektu, administracja bazami danych Zielnika UGDA;
mgr Joanna Korybut-Orlowska – Koordynator ds. digitalizacji
koordynacja pracy zespołu digitalizacyjnego, weryfikacja, standaryzacja i udostępnianie baz danych, obsługa oprogramowania, administracja bazami danych Zielnika UGDA, integracja i mobilizacja danych kolekcji, wsparcie merytoryczna projektu, udział w opracowaniu koncepcji i testowaniu wdrożonych rozwiązań Platformy HP;

Zespół ds.

Digitalizacji danych

prof. dr hab. Martin Kukwa – przygotowanie merytoryczne Kolekcji Porostów UGDA-L, weryfikacja okazów i bazy danych kolekcji porostów;
dr Renata Afranowicz-Cieślak – weryfikacja materiałów zielnikowych roślin naczyniowych oraz danych alegatów, w tym opracowanie kolekcji historycznych;
dr Bartłomiej Hajek – przygotowanie merytoryczne i digitalizacja Kolekcji Mszaków UGDA-B, weryfikacja okazów i bazy danych;
dr Sławomir Nowak – przygotowanie merytoryczne Kolekcji Storczykowatych UGDA-Orchids, weryfikacja okazów i bazy danych, wsparcie merytoryczna projektu;
dr Natalia Olędrzyńska – przygotowanie merytoryczne i digitalizacja Kolekcji Rycin UGDA-Figures, digitalizacja materiałów zielnikowych;
dr Agnieszka Jabłońska – przygotowanie merytoryczne i digitalizacja Kolekcji Próbek Materiału Genetycznego UGDA-DNA;
dr Emilia Ossowska – przygotowanie alegatów Kolekcji Porostów UGDA-L;
dr hab. Piotr Rutkowski – digitalizacja Kolekcji storczykowatych UGDA-Orchids;
mgr Anna Wróblewska – weryfikacja materiałów zielnikowych roślin naczyniowych oraz danych alegatów, w tym opracowanie kolekcji historycznych;
mgr Marta Jarosińska – weryfikacja baz danych, pomoc merytoryczna i techniczna w zakresie oprogramowania, uzupełnianie metadanych alegatów; udział w opracowaniu koncepcji i testowaniu wdrożonych rozwiązań Platformy HP;
mgr Konrad Kobierski – przygotowanie alegatów roślin naczyniowych, wprowadzanie i edycja metadanych, geokodowanie zasobów;

mgr Cezary Bogus – przygotowanie i digitalizacja Kolekcji Materiałów Mokrych UGDA-LQ, promocja projektu;
mgr Wiktoria Wensierska – przygotowanie alegatów roślin naczyniowych, wprowadzanie i edycja metadanych, geokodowanie zasobów, digitalizacja zasobów;
mgr Iza Marszewska – wprowadzanie i edycja metadanych, geokodowanie zasobów, digitalizacja Kolekcji Porostów (UGDA-L);
mgr Iwona Skorowska – wprowadzanie i edycja metadanych alegatów, geokodowanie zasobów, digitalizacja zasobów;
mgr Julia Jaskólska – przygotowanie alegatów Kolekcji Porostów i Roślin Naczyniowych UGDA, digitalizacja zasobów;
mgr Maciej Pazdro– przygotowanie alegatów roślin naczyniowych, digitalizacja zasobów, edycja graficzna zasobów;
mgr Adrianna Kosiróg-Ceynowa – wprowadzanie i edycja metadanych alegatów;
mgr Victoria Wilicka-Starosta – przygotowanie alegatów roślin naczyniowych, wprowadzanie i edycja metadanych, geokodowanie zasobów;
mgr Łucja Ptach-Styn – przygotowanie alegatów Kolekcji Porostów UGDA-L;
mgr Marta Mazurowicz – przygotowanie alegatów roślin naczyniowych, wprowadzanie i edycja metadanych, geokodowanie zasobów;
mgr Beata Gibka – przygotowanie alegatów roślin naczyniowych;
mgr Małgorzata Witek – przygotowanie alegatów roślin naczyniowych, digitalizacja zasobów;
mgr Małgorzata Warda – przygotowanie alegatów roślin naczyniowych;
Michał Depczyński – przygotowanie alegatów roślin naczyniowych.

Zespół ds.

Informatycznych

mgr Michał Wojtasik – nadzór merytoryczny nad procesem wdrożenia infrastruktury serwerowo–sieciowej, nadzór merytoryczny nad procesem wdrożenia i uruchomienia oprogramowania platformy Herbarium Pomeranicum;
mgr Michał Gola – nadzór techniczny nad prawidłowym działaniem wytworzonego w ramach projektu środowiska sprzętowo-softwarowego, nadzór merytoryczny nad procesem wdrożenia infrastruktury serwerowo–sieciowej, monitoring urządzeń i usług środowiska wytworzonego w ramach projektu Herbarium Pomeranicum, wsparcie informatyczne zespołu projektowego;

Zespół ds.

Obsługi finansowo-administracyjnej

mgr Beata Plebanek – specjalista ds. finansowych;
obsługa finansowa projektu, monitoring przebiegu finansowania oraz zgodność wydatków z budżetem projektu, raportowanie i sprawozdawczość, przygotowanie danych do wniosków o płatność pod względem formalnym i rachunkowym;
mgr Monika Szulc – weryfikacja rozliczeń i obsługa płatności, kontrola dokumentów dot. poniesienia kosztów pod względem formalnym i rachunkowym, współpraca z specjalistą ds. finansowych;
dr Przemysław Baranow – specjalista ds. administracyjnych i promocji projektu HP;
koordynowanie zadań z zakresu promocji projektu, organizacja i prowadzenie spotkań z interesariuszami; koordynowanie prac nad organizacją wystawy Historia Zbiorów Botanicznych;